通过多年实践，我国基层群众性自治制度的建设取得了很大的成绩，但也还存在诸多不尽如人意之处。主要表现在：居民委员会和村民委员会自治职能错位；自治组织经济状况较差；人员素质较低；多数居民委员会和村民委员会的民主建设，忽视、放松了民主决策、民主管理和民主监督的落实等等。因此，我国基层群众性自治制度还必须完善和加强。具体而言，包括以下方面：
（1）各级人民政府及其派出机构应当尊重居委会和村委会的自主权和法律地位。首先，在思想上和体制上改变将基层群众性自治组织视为自己的下属机构和派出机构的看法和做法；其次，属于各级人民政府职能部门的工作不应交给基层群众性自治组织办理，确保自治组织直接行使宪法权力和权利。
（2）不断提高居委会和村委会干部的自身素质。一方面，要注重选拔专业人才、技术人才和中青年人才；另一方面，要注重加强对现有干部专业知识的培训工作。
（3）尽可能增加居委会和村委会的经济来源。政府应从多方面帮助基层群众性自治组织壮大经济基础，基层群众性自治组织也应坚持以经济建设为中心工作。
（4）搞好基层群众自治组织的制度建设。基层群众性自治组织要重点建立健全民主选举制度、民主议事制度、民主监督制度，从而推进基层群众自治的制度化、规范化。
（5）发展基层群众性自治组织的民主，与贯彻依法治国方略、健全法制紧密结合起来。如进一步完善相关立法，加强法制教育和宣传，加强社会治安综合治理等等。
（6）拓宽基层群众自治的途径和形式。如建立和完善企业自治制度，制定结社法以实现公民的结社自由等等。