1.反应条件不同：糖酵解在无氧条件下进行，有氧氧化在有氧条件下进行；
2.代谢部位不同：糖酵解在胞浆中进行，有氧氧化的不同阶段分别在褒奖和线粒体中进行；
3.生成的丙酮酸的代谢去向不同：糖酵解中丙酮酸加氢还原为乳酸，有氧氧化中丙酮酸继续氧化脱羧，生成乙酰辅酶A后进入三羧酸循环；
4.ATP的生成方式和数量不同：糖酵解以底物水平磷酸化方式生成ATP，净生成2分子ATP；有氧氧化主要以氧化磷酸化的方式生成ATP，净生成38（或36）分子ATP；
5.终产物不同：糖酵解终产物为乳酸，有氧氧化终产物为CO₂和H₂O；
6.主要生理意义不同：糖酵解是机体在缺氧条件下供应能量的主要方式，有氧氧化是机体供应能量的主要方式。