1）神舟电脑将利润分为研发利润、生产利润、销售利润和品牌利润，并以此为基础将成本细分为研发成本、生产成本、销售成本等。
2）物料上的成本管理：采用以供定产模式，即按照供应商所提供原料的品质和价位，结合市场状况批量购入该材料进行生产。
3）自主研发：神舟电脑以集团公司的科研优势为依托，主张自主研发，实现研发利润。作为目前国内品牌整机厂商中少数具备板卡级研发制造能力的厂商，神舟电脑在成本上比竞争对手低5%左右。
4）销售渠道的成本管理：神舟电脑构建了总部—分公司—经销商的扁平化渠道结构，采用了新型的渠道模式—店面直销，由分公司签约各地电脑城或商业区的店面，然后承包给经销商经营，这样既提高了经销商的积极性，又降低了分公司的店面管理压力。
5）管理费用的控制：一是将员工分成三类，对不同的员工采取不同的管理态度和管理方法；二是以分公司为利润中心，自负盈亏，这使得分公司更加注重团队合作以提高运作效率，主动控制营销费用、管理费用以降低运作成本，最终使得整体运营费用降低而运作效率提高。管理上的严格控制，使得神舟电脑的管理费用比同行其他企业降低了5%左右。
神舟电脑通过物料、销售渠道的成本管理，以及管理费用的控制，使每台电脑的成本比竞争对手低20%～40%，成功地取得了低成本竞争优势。