引起院内感染的薄弱环节主要有管理上的不健全、不合理使用抗菌素、空气传播和环境污染，以及医护人员对院内感染缺乏充分认识和高度责任感。
控制院内感染，要进行院内感染监测，通过监测及时发现和解决问题，不断提高医疗护理质量，及时发现医院感染的情况，如发病率、病原体种类及其耐药谱等。在做好监测的同时要建立健全全院感染管理组织，全院性控制感染方案，包括医院感染管理系统、医院感染病例报告及登记制度、环境细菌学检控制度、医院消毒制度、灭菌质量检控制度、合理使用抗生素制度以及职工的医院感染知识、无菌操作观念和医院教育制度等；建立严格的消毒隔离和传染病报告制度与无菌操作规定；加强对医护人员医院感染教育和树立无菌观念；合理使用抗生素。