农业的社会效益、经济效益和生态效益既是相互依赖的，又是相互矛盾的。
（1）相互依赖关系：能够满足社会的基本需求是追求经济效益和生态效益的前提；经济效益好才能吸引更多的社会资源，使农业能够长期提供丰足的农产品满足社会的需求，也使农业经营者能够获得足够的资金投入环境保护和生态建设，并且促使技术升级换代；只有良好的生态环境和资源状况才能够保证持续的高产出和高经济回报。
（2）相互矛盾关系：片面追求社会效益可能导致不惜成本和不顾生态环境的破坏，导致像20世纪60年代那样的大规模毁林开梯田和围湖造田运动；片面追求经济利益同样可能忽视社会的基本需求，一窝蜂投入预期经济效益好的项目，从而导致日常需求产品供应紧张的局面，而且只要有经济效益就会置生态环境于不顾，造成水土流失、化肥农药污染、养殖污水横流等现象；片面追求生态环境的改善可能忽视人们最迫切的生活需求和希望富裕的追求，最终还是改善不了生态环境。
协调：资源与环境是农业生产的基础，充分了解当地的资源环境特点，趋利避害，进行合理的农业布局。资源与环境又受农业生产的影响，理想的农业生态系统，必然能够协调好资源利用与环境保护，全面体现农业的生态效益、经济效益和社会效益。因此，应该了解一些最基本的资源经济规律（如自有资源利用的生态经济规律、公共资源利用的生态经济规律等）及其可能的生态后果，可以更自觉地采用相应的经济措施或其他措施，使经济效益与生态效益更好地统一起来。