（1）YAC有嵌合现象，一个YAC中克隆的DNA片段可能来自两个或多个不同的染色体。在基因组文库中，嵌合体占克隆总数的5％～50％。由特定的染色体构建的文库，嵌合体占克隆总数的5％～15％。
（2）YAC内部有重组现象，插入的DNA较大，序列发生重排，导致和原来染色体的序列不一致，重组很难检出。
（3）YAC还有缺失现象，影响YAC文库的代表性。
（4）YAC结构和酵母天然染色体结构相似，使用常规方法不易将YAC和酵母天然染色体分开。
（5）构建好的YAC转化原生质化的酵母菌，转化效率低。
（6）建好库后保存方便，但要筛选某个基因时工作量大。