这个问题的原本答案是甲方肢解了工程。因为即使是工程总承包，按照《合同法》第二百七十二条规定“发包人可以与总承包人订立建设工程合同，也可以分别与勘察人、设计人、施工人订立勘察、设计、施工承包合同。发包人不得将应当由一个承包人完成的建设工程肢解成若干部分发包给几个承包人。”依据该规定，发包人不得肢解发包工程。但是，承发包双方对发包人直接将地基工程发包给第三人已经达成了新的合意，这应视为合同的承包范围已经变更，变更是法律允许的，因此是合法的。此外，如果地基工程已包含在已办理的施工许可证中，就无须另行办理施工许可证。如果未包含在已办理的施工许可范围内，则应当另行补办地基工程的施工许可证。
我国《建筑法》第二十六条规定：“承包建筑工程的单位应当持有依法取得的资质证书，并在其资质等级许可的业务范围内承揽工程。禁止建筑施工企业超越企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用企业的资质证书、营业执照，以企业的名义承揽工程。”《司法解释》第一条规定“建设工程施工合同具有下列情形之一的，应当根据合同法第五十二条第（五）项的规定，认定无效：（一）承包人未取得建筑施工企业资质或者超越资质等级的；（二）没有资质的实际施工人借用有资质的建筑施工企业名义的；（三）建设工程必须进行招标而未招标或者中标无效的。”因工程挂靠系违法行为，只要双方签约时的真实意思表示为挂靠，那么总包人与挂靠人无论签订何种合同都不能维护双方的合法权益。