由于电子商务是以计算机网络为基础的，因此它不可避免面临着一系列的安全问题。一般会遇到以下五种安全问题：
（1）信息泄露在电子商务中表现为商业机密的泄露，主要包括两个方面：交易双方进行交易的内容被第三方窃取；交易一方提供给另一方的文件被第三方非法使用。
（2）篡改在电子商务中表现为商业信息的真实性和完整性的问题。电子的交易信息在网络上传输的过程中，可能被他人非法修改，删除或者重改，这样就使信息失去了真实性和完整性。
（3）身份识别问题，如果不进行身份识别，第三方就有可能假冒交易一方的身份，以破坏交易、破坏被假冒一方的信誉或盗取被假冒一方的交易成果等，进行身份识别后，交易双方就可防止“相互猜疑”的情况。
（4）病毒问题病毒问世二十几年来，各种新型病毒及其变种迅速增加，互联网的出现又为病毒的传播提供了最好的媒介。不少新病毒直接利用网络作为自己的传播途径，动辄造成数百亿美元的经济损失。
（5）黑客问题随着各种应用工具的传播，黑客已经大众化了，不想过去那样非计算机高手不能成为黑客，曾经大闹雅虎网站的“黑手党男孩”就没有受过什么专门训练，指示向网友下载了几个攻击软件并学会了如何使用，就在互联网上大干了一场。