历代中央政权对新疆都进行了有效的行政管理。公元前西汉王朝在西域设置西域都护府，唐朝在新疆设置安西都护府和北庭都护府，元朝在别失八里设置行尚书省，清朝1762年在伊犁设伊犁将军府，并与1884年建省。因此，自公元前60年西汉王朝在西域设置西域都护府，无论在祖国统一时期，还是在分裂时期，新疆始终是祖国不可分割的一部分。历代中央政权在新疆一直设立有军事机构并派驻军队。如汉朝的西域都护建有行政和军事只能，当时派驻的将士还要进行屯田，这种制度一直延续到了清代。历代中央政权在新疆有效的形式赋税征收权和最高司法权。关于赋税征收权的行使，如唐朝将在内地实行的均田制和租庸调制也推行到西域，清朝统一新疆后，在新疆征收天赋等，关于最高立法权的行使，如唐代的安西和北庭两大都护府中的法曹参军即执掌司法实务。在清朝新疆的地方司法由行政长官兼理。在长期的统一国家内，新疆各族人民都形成了对统一多民族国家的朴素认同。如魏晋南北朝时期，西域仍保留着汉朝政府颁发的信物。喀喇汉王朝的可汗常常在其头衔上冠以“桃花石汗”意即“中国汗”等。