膜污染是指在膜过滤过程中，混合液中污泥絮体、胶体粒子、溶解性有机物或无机盐类，由于膜的存在物理化学相互作用或机械作用而引起的膜表面或膜孔内部的吸附或沉积，致使膜孔道变小或堵塞，膜表面形成凝胶层或滤饼层，从而造成膜通量降低或者跨膜压差升高的现象。
膜污染的控制是指采用适当的措施，控制膜污染的发展，延长膜的清洗周期。探索膜污染的控制措施，对维护膜生物反应器的稳定运行具有重要的意义。根据膜污染的影响因素，膜污染控制技术的开发，应围绕提高膜的性能、优化运行条件和调控活性污泥混合液性质3个方面进行。
（1）提高膜的性能。
膜的亲疏水性、孔径、空隙率、粗糙度等自身特性对膜污染有着直接影响。通过提高膜自身的性能可以提高膜的抗污染能力。
（2）优化运行条件。
在MBR的实际运行中，膜通量、操作压力、曝气强度、膜过滤的操作方式、膜表面的错流流速等，均对膜污染有着重要影响，并直接关系到膜的使用寿命。污泥龄也是影响活性污泥混合液及其污染特性的主要工艺参数，MBR的整体性能与污泥龄的选择密切相关。膜组件设计是MBR运行条件优化的另一重要参数。调控混合液的特性。在实际工程项目中，比较有效的调控措施有：投加吸附剂和投加混凝剂。