氯水板式换热器对介质压力冲击较敏感，大幅度压力冲击会造成密封件泄漏，所以在操作时严格按规定的启动或停用顺序进行操作。
启动操作：在启动前后将换热器冷、热介质进口阀门关闭，出口阀门全开，启动氯水泵后，再缓慢同时打开换热器氯水侧进口阀门和循环水侧进口阀门，避免出现单侧超压造成热片损坏，检查换热器所有密封面有无渗漏等不正常情况，氯水换热器升降温时应缓慢进行升降温操作，当换热达到工艺要求且工况稳定后即可进入正常操作。
氯水换热器在停用前，先缓缓关闭换热器氯水侧进口阀门，再关闭氯水侧出口阀门和循环水侧进水口阀门和出水口阀门，在冬季，停用后尽量放净氯水换热器内的氯水和循环水，防止冻结损坏换热器。