是护国战争开始后为统一西南护国讨袁军政事务，各省护国军于1916年5月8日在广东肇庆正式成立的具有全国性质的临时中央军事政治机关。它事实上是一个松散的联合体，各省都督府和护国军各自为政，并没有严格的统属关系，而且军务院一开始就不是以新政府面目出现，仅以黎元洪任总统的国务院的代理者出现在政治舞台上，这就削弱了它应起的作用。1916年6月袁世凯死后，黎元洪继任大总统，并恢复了国务院，7月14日唐继尧等通电撤销了军务院。