建设单位在监理招标和委托监理合同签订过程中的不妥之处主要有：
　　（1）不妥之处：建设单位以A投标人为非工程所在地单位为由取消其投标资格。
　　理由：招标投标应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则。其中，公平原则要求招标人在招标投标各程序环节中一视同仁地给予潜在投标人或者投标人平等竞争的机会，并使其享有同等的权利和义务。例如，招标人不得在资格预审文件和招标文件中含有倾向性内容或者以不合理的条件限制和排斥潜在投标人；不得对潜在投标人或者投标人采取不同的资格审查或者评标标准，依法必须进行招标的项目不得以特定行政区域或者特定行业的业绩、奖项作为评标加分条件或者中标条件等。本题中，该工程项目招标不得以地域限制为由拒绝潜在投标人参与投标。
　　（2）不妥之处：建设单位与D投标单位就监理酬金的比例进行了协商，在原比例的基础上降低了10%。
　　理由：招标投标双方不得在招标投标过程中协商谈判和随意修改招标项目需求、交易规则以及合同价格、质量标准、进度等实质内容。招标要约邀请、投标要约和中标承诺只有一次机会，这是保证招标投标双方公平和投标人之间公平竞争的基本要求。
　　（3）不妥之处：在监理中标通知书发出后第45天签订委托监理合同。
　　理由：根据规定，建设单位和监理单位应于监理中标通知书发出之日起30日内，依据中标通知书、招标、投标文件中的合同构成文件签订合同协议书。