三者主要区别如下：
（1）所依据的法律条文不同。依法撤回已经生效的行政许可，其依据的法律条文是《行政许可法》第八条第二款；而撤销或注销行政许可，其依据的法律条文分别是《行政许可法》第六十九条和第七十条。
（2）引起的原因不同。撤回已生效的行政许可，是由于情势变迁导致该行政许可与公共利益发生冲突而引起行政许可的终止，这一种客观事实，不但与被许可人的行为或其自身的情况无关，与行政许可机关是否存在违法许可也不存在因果关系。行政机关在撤回行政许可后，应履行注销行政许可的手续。撤销行政许可是由于行政许可的取得过程中存在某种瑕疵，存在着某种违法性，即违法导致行政许可的撤销，这是撤销与撤回、注销之间存在的最显著的差别。违法的原因有可能是行政许可机关引起的，也有可能是被许可人引起的。行政机关在撤销行政许可后，也应履行注销行政许可的手续。注销是发证机关在行政许可失效后办理的注明记载，是行政许可结束后由行政机关办理的手续。注销行政许可的原因则在于被许可人的权利已经灭失或在客观上不能行使。
（3）引发的法律后果不同。合法撤回已生效的行政许可，有可能导致行政机关对被许可人承担补偿责任。合法撤销行政许可则可能导致行政机关对被许可人的赔偿责任。合法注销行政许可则不会导致行政机关承担赔偿或补偿责任。