排污申报是各级政府各项环境管理决策的重要基础依据，是环保部门实施各项环境管理制度的基础，在环境保护工作中有着十分重要的意义。主要有以下几方面作用：
（一）排污申报是科学地核定排污量、严格公正地征收排污费的前提条件。
要征收排污费就要搞清楚排污者排放什么污染物、排了多少；在此基础上才能依法足额征收排污费。
（二）排污申报登记是环境执法的基础。
通过排污申报登记搞清楚辖区内所有排污者数量、规模、类型、排污及生产的基本状况，执法才能有的放矢。
（三）排污申报登记是各级政府环境管理决策的重要依据。
《环保法》规定，各级人民政府对本辖区的环境质量负责。政府通过排污申报登记情况掌握本辖区的环境污染状况，才能科学地制定出改善环境质量的对策。
（四）排污申报登记是环保部门实施各项环境管理制度的基础。
排污申报登记为排污收费、排污许可证及总量控制、建设项目管理、限期项目监督检查、环境统计、环境质量评价、现场监督检查、污染事故报告各项工作提供最基础的最全面的依据。
（五）排污申报登记是向排污者宣传环保法律法规和知识，明确其责任义务的重要手段。
通过排污申报登记，排污者可以掌握自己产生和排放污染物的状况，学习了解相应的环保知识和污染治理技术，促进排污者履行环保法律法规规定的防治污染和保护环境的职责和义务，加强其内部管理。
（六）排污申报登记是提高环境执法地位和权威的重要方式。
通过排污申报和登记，掌握污染物排放的状况，为政府和环保机关的决策和管理服务，在服务中确立和提高自己的地位。同时，让排污者知道谁将对其直接执法，其排污的情况都掌握在环境监察机构手中，不守法将承担什么责任，有助于排污者自觉守法。
（七）通过排污申报登记核定提高环境监察部门的业务水平。
排污申报登记包括了排污者排放污水、废气、噪声、固废等污染物种类、数量和浓度及与排污有关的整个生产与经营情况等各项内容，环境监察机构工作人员通过对排污申报情况进行审核、核定、现场核实等多环节的工作，就使其不断学习提高执法水平的过程。