中期来华传教士多循规蹈矩，鸦片战争前，则有些蠢蠢欲动，为侵略服务，到后期，传教士于从事一般活动外，还依峙特权武力肆意活动，酿成冲突。中期传教士在华注意学术的传播，其主要活动为文化活动，由此得以站稳脚跟并部分得到重用。后期传教士则以传教为主，兼充当西方侵略的助手，并从事间谍活动等。中期传教士多集中于宫廷，后期传教士则遍布全国各地，范围大为扩展。
明清之际是西方殖民势力向世界各地大规模扩张的时期，也是东西文化开始猛烈碰撞的时期，同时又是近世基督教伴随着殖民势力向东方发展的高潮时期。由于当时中国的国力还比较强盛，故传教士还能遵守中国的规矩，融合中国人的习俗，制定了一套传教政策。更重要的是他们利用西方的科学技术，其中包括天文历法、代数、几何、望远镜、钟表、地球仪、地图、医药、水法、机械玩具以及音乐、美术等方面的知识，作为敲门砖，赢得了中国部分知识分子士大夫的好感与同情，并得到了皇帝的首肯。因此，当时是基督教在中国发展比较顺利的时期。这一时期是中国与西方的正式思想文化交流开始的时期，传教士在其中所起到的媒介和桥梁作用也是功不可没的。他们重视观察和实测的科学精神，确实对中国学者产生了影响。但是也应当指出，传教士作为中西文化交流的媒介并不是最理想的，因为他们来到中国的目的，主要是为了传教，并不是为了传播科学文化。并且他们深受宗教神学的限制，传给中国的只能是西方中世纪的教会官方的神学宇宙构图，而不是近代科学的宇宙构图。例如，伽里略——牛顿体系、笛卡尔的解析几何、巴思伽的概率论和牛顿、莱布尼茨的微积分学等，虽然在欧洲早已为人熟知，但在中国却是直到近代才为学者了解。因此在这个意义上说，由传教士作为中西文化交流的使者和传播者，确实是一件遗憾的事情。至于1840年鸦片战争以后，帝国主义列强纷纷入华，中国沦为半封建半殖民地社会，传教士们也随之卷土重来，不但纷纷向中国政府讨回失去的权利，而且还要求新的特权。他们到处重建、新建教堂和其他设施，扩大教会的影响，现今北京的基督教教堂，绝大多数都是在这一时期重修或新建的。与此同时，传教士们到处拉人入教，包庇教民，强买强占土地、房屋，不断制造教民与非教民之间的矛盾，并且欺压中国人民，他们还甚至控制了各级政府，干涉中国内政，已经成为了殖民主义势力的帮凶与助手，基本丧失了中西文化交流媒介和桥梁的作用。