如果在妊娠早期，特别是治疗先兆流产和习惯性流产时。大剂量或长期使用性激素（特别是黄体酮、炔诺酮等药物），可干扰胚胎生殖系统的正常分化，导致生殖系统畸形，使女性胎儿外生殖器男性化。这是因为一般临床上用于保胎的孕激素多为合成激素，合成孕激素类药物具有一定程度的雄激素样作用。用天然孕酮保胎则未见畸形儿出生。
雌激素能导致脑积水、脑膜膨出、内脏畸形等。孕妇在妊娠早期用乙烯雌酚后，会对胎儿产生迟发性不良反应，所育女婴在幼儿期可引起乳腺增大，青春期后可发生生殖器的多发疾病或畸形，发生高峰在9岁左右，乙烯雌酚对男性胎儿也似有影响，可导致附睾囊肿、睾丸发育不全、隐睾、精液异常等。