哲学的物质范畴和自然科学物质结构理论是普遍与特殊、共性与个性、一般与个别的关系。
两者既有区别又有联系。
区别在于：哲学的物质范畴揭示的是一切物质的共性，即客观实在性。而自然科学物质结构理论揭示的是关于某一具体物质形态的组成和结构、特点，是个性。
联系在于：一方面，哲学的物质范畴要以物质结构理论为依据。物质结构理论的成果证明和丰富了物质范畴的内容。没有自然科学关于物质结构理论的认识，就不可能产生辩证唯物主义物质观。
另一方面，哲学的物质范畴能给物质结构理论的研究以世界观和方法论的指导，推动和深化对物质结构理论的认识和研究。