对于具有飞行恐惧症的患者，一般不可能在实际的飞行中，去测量其恐惧情绪的强度，因为一旦在实际的飞行中，很难及时处理过度的恐惧引发的并发症（如心肌梗塞等）。所以此类测量一般在实验室的模拟器中完成。具体的测量方法有主观评定法、任务操作法、生理指标测定法等。
（1）主观评定法：可以用各种有关恐惧的形容词检表、维量等级量表和分化情绪量表进行测定。一般的做法是先让被试呆在飞行模拟器中感受高空飞行的感觉30分钟左右，结束后，立即用各种量表进行测量，要求被试直接在形容词检表中选出符合自身当时恐惧状态的词汇或直接对其恐惧体验、认知和行为三方面的强度做等级评分。
（2）任务操作法：一般认为，当人处于恐惧或焦虑情绪中，任务的操作效绩会有所下降。所以任务的操作水平可以作为衡量恐惧情绪的指标。用任务操作水平衡量恐惧强度的一般做法为要求处于飞行模拟器中的患者在感受高空飞行感觉的同时，再进行一项任务，比如：短时记忆任务、选择反应任务等，用任务的操作水平来衡量患者的恐惧程度。不过不同于主观评定法，任务操作法会起到分心作用，干涉被试感受高空飞行，而降低由于飞行场景所引发的恐惧情绪，所以一般所纳入的任务要尽可能简单，基本不占用患者的注意资源。
（3）生理指标测定法：诸如心理、血压、生化物质的含量等都会随着恐惧情绪的变化而变化，所以这些生理变化可以作为恐惧强度的指标。生理指标测定法的一般做法为：当患者处于飞行模拟器中时，便对其心理、血压和各种生化指标的变化情况进行综合测定，以考察恐惧的强度。和任务操作一样，此种测量方法也会影响到感受高空飞行的过程，起到分心作用，所以测量效果可能受到污染。
此外，有些生理指标的测量（比如：EEG）则需要在头部安置电极，这种操作本身就会提高患者的紧张和恐惧情绪。
此外，现代面部表情识别也不失为一种很好的情绪强度测量技术，但是此类技术一般只适用于特定情绪的鉴别，而无法测量情绪的强度，所以在此不宜使用。