非营利组织市场化机制运作采取以下几种主要方式：
（1）实行服务收费制。迫于资金不足导致“志愿失灵”的压力，非营利组织不得不以市场化的手段追求组织效率。公益服务有偿收费已成为许多非营利组织的市场化运作手段和主要收入来源。
（2）商业化的项目合作。商业化的项目合作即与公司的项目合作，双方各取所需。非营利性组织通过营利组织的赞助能够实现某一公益目标，而公司则通过参与支持公益项目而为自己的产品宣传与塑造企业形象得到好处。
（3）收取会员会费。收取会员会费即从组织内目标受益人那里获得收人。在会员制的非营利组织中，会员以会费的形式支付所享受的服务。
（4）发行彩票获取收入。非营利组织通过博彩运营，达到为所服务的项目筹资的目的，创造附属于组织的商业营利组织来获取收人。