蛋白质生色团主要有肽基团、某些氨基酸侧链和某些辅基等三类。
1）肽基团典型跃迁吸收带有3个：210-220nm，吸收系数约100，属n→π*跃迁；190nm附近，吸收系数约7000，属π→π*跃迁；175nm附近，属n→σ*跃迁。
2）蛋白质侧链研究，主要由酪氨酸、色氨酸和苯丙氨酸以及组氨酸、胱氨酸等贡献。酪氨酸274nm，吸收系数约1400，色氨酸较复杂240-290nm至少存在3种电子跃迁，苯丙氨酸在257nm，吸收系数约200。上述氨基酸由极性环境移入非极性环境，吸收峰波长及吸收系数增加氨基酸链基团由于溶剂pH变化带电荷时，吸收峰波长及吸收系数增加
3）某些辅基在可见光范围内有强吸收带，血红素、黄素和一些金属蛋白络合物。特点是吸收系数较大，可用于检测。