按照微生物细胞结构和组成不同可将微生物分为非细胞型微生物、原核细胞型微生物、真核细胞型微生物。非细胞型微生物结构最简单，体积最微小，能通过细菌滤器，无细胞结构，由单一核酸（DNA或RNA）和蛋白质外壳组成，如病毒。真核细胞型微生物的细胞核分化程度较高，有典型的核结构（由DNA和组蛋白组成），胞质内有多种完整的细胞器，如真菌。原核细胞型微生物仅有原始核，无核膜、无核仁，染色体仅为单个裸露的DNA分子，缺乏完整的细胞器，如细菌、立克次体、螺旋体。