1.到达现场后，对疾病发生的全面情况进行一般了解，继之开始做初步调查。对初步调查的资料按疾病分布进行整理分析，结合病因推理方法提出疾病发生原因（或因素）的初步"假设"。
2.根据初步"假设"再深入现场做进一步调查分析。可用病例对照研究方法，对某个可疑因素进行调查；也可以人群为单位，调查有某因素的人群和无某因素的人群发病的差异。注意排除混杂因素。同时进行现场流行病学观察并采集必要的材料进行有关检验。弄清具体条件和因素，检查最初"假设"是否正确。
3.根据以上调查所作的结论，采取相应措施，观察疫情发展情况，从评价措施效果中以进一步验证结论是否正确。