结肠镜检查的并发症主要是由于适应证选择不当，术前准备不充分，术者缺乏经验、操作不熟练和／或术者在进镜困难时急躁、缺乏耐心而粗暴进镜等所致。
（1）肠穿孔：其发生率为0.17%～0.9%，在以下情况下容易发生穿孔。①直乙交界、降乙交界及肠管粘连处的肠管转弯较急，如未遵循"循腔进镜"原则而采取盲目滑行且又缺乏经验的情况下可使镜端顶破肠壁，造成穿孔。②原有的肠道病变如溃疡性结肠炎、Crohn’s病、肠结核、憩室炎等病变重，病变局部肠壁菲薄或已临近穿孔状态，注气过多甚至稍微注气便可能造成穿孔。③息肉切除时，切割部位距肠壁过近、通电时间过长以及黏膜切除时造成灼伤面积过大而深。在焦痂脱落时穿孔。
（2）肠道出血：其发生率为0.55%～2.0%。在下述情况下容易发生肠道出血。①服用非甾体类抗炎药、抗凝血药或有血液系统疾病凝血功能障碍者，取活检可引起持续出血。②对富含血管的病变（如毛细血管扩张）或炎症显著、充血明显的部位取活检，可引起较大量出血。③息肉电切除时，圈套器圈套息肉后收紧速度过快、过猛和／或电流强度过强致凝固不足，均可导致息肉被机械性切除而引起出血。如电流强度过弱，电凝时间过长，残蒂焦痂脱落时可引起延迟出血。
（3）肠系膜、浆膜撕裂：较罕见。在插镜过程中进镜阻力增大，结肠镜前端前进困难或不能前进反而后退且患者痛苦较大时提示肠袢已形成，如继续进镜，肠袢增大，肠管过度伸展使浆膜和系膜紧张，如再注入过多空气，使肠腔内压力升高，超过浆膜所能承受限度时便会发生撕裂。
（4）感染：极少数抵抗力低下的患者，在取活检或内镜切除治疗后可能会出现菌血症。
（5）心脏、脑血管意外：在患者原有心、脑血管疾病的基础上可发生心力衰竭、急性心肌梗死、心搏骤停、脑出血等并发症。
（6）气体爆炸：非常罕见。主要由于肠内含有过高浓度的氢气和甲烷气体，通电进行息肉或黏膜切除以及电凝止血时可引起爆炸。多见于肠道准备不充分和／或用甘露醇清洁肠道后等情况。因此，不用甘露醇清洁肠道以及在通电操作前反复抽吸肠道内的空气，抽出肠道内的可燃性气体，注入新鲜空气可避免气体爆炸。