1.中毒性菌痢起病更急，常在发病24小时内出现高热、抽搐与昏迷，并有中毒性休克。一般无脑膜刺激征，脑脊液多正常。作肛拭或生理盐水灌肠镜检粪便，可见白细胞或脓细胞。
2.结核性脑膜炎无季节性。起病较缓，病程长，以脑膜刺激征为主。常有结核病史。脑脊液中氯化物与糖均降低，蛋白增高较明显，其薄膜涂片或培养可检出结核杆菌。X线胸片及眼底检查，可能发现结核病灶。3.化脓性脑膜炎脑膜炎球菌所致者，多发生在冬春季，皮肤黏膜常出现淤点，昏迷多在发病1~2天内。其他化脓菌所致者多可找到原发病灶。脑脊液均呈细菌性脑膜炎改变，淤点或脑脊液涂片染色或培养可发现细菌。
4.其他病毒性脑炎临床表现相似。确诊有赖于血清免疫学检查和病毒分离。