目前常用的非淋球菌性尿道炎的实验室诊断方法主要有4种：
①单克隆抗体荧光染色法：用荧光素标记的抗衣原体单克隆抗体来检查细胞涂片的衣原体，检查原生小体主要外膜蛋白的抗原决定簇，在染红的上皮细胞中或细胞外有苹果绿色针尖大小的光点，可在92％～95％的沙眼衣原体培养阳性的男性病人中发现。
②衣原体酶染色法：直接从标本中查衣原体抗原，敏感性67％～97％，特异性92％～98％。
③病原体培养：对沙眼衣原体的分离成功是最好的确诊方法。
④酶链聚合反应（PCR）：针对衣原体、支原体，在原理上十分明确。