（1）有机肥料含有大量的有机质，具有明显的改土培肥作用；化学肥料只能提供作物无机养分，长期施用会对土壤造成不良影响，使土壤“越种越馋”。
（2）有机肥料含有多种养分，所含养分全面平衡；而化肥所含养分种类单一，长期施用容易造成土壤和食品中的养分不平衡。
（3）有机肥料养分含量低，需要大量施用，而化学肥料养分含量高，施用量少。
（4）有机肥料肥效时间长；化学肥料肥效期短而猛，容易造成养分流失，污染环境。
（5）有机肥料来源于自然，肥料中没有任何化学合成物质，长期施用可以改善农产品品质；化学肥料属纯化学合成物质，施用不当能降低农产品品质。
（6）有机肥料在生产加工过程中，只要经过充分的腐熟处理，施用后便可提高作物的抗旱、抗病、抗虫能力，减少农药的使用量；长期施用化肥，由于降低了植物的免疫力，往往需要大量的化学农药维持作物生长，容易造成食品中有害物质增加。
（7）有机肥料中含有大量的有益微生物，可以促进土壤中的生物转化过程，有利于土壤肥力的不断提高；长期大量施用化学肥料可抑制土壤微生物的活动，导致土壤的自动调节能力下降。