（1）菌落形态观察：观察菌落的大小、形状、隆起度、边缘、表面性状、颜色与透明度、质地和干湿度。
（2）染色镜检：按照革兰氏染色或瑞氏染色方法进行制片、初染、媒染、脱色、复染、干燥、镜检；干燥后，用油镜观察。
（3）常见的生化鉴定：如糖发酵试验、吲哚（靛基质）试验、淀粉水解试验、V-P试验、甲基红（M、R）试验、柠檬酸盐利用试验、硝酸盐还原试验、接触酶试验、氧化酶试验。
（4）血清学鉴定：检定抗原型或血清型。
（5）分子生物学鉴定：利用分子生物学手段进行细菌的种属、亚型的鉴定。
（6）动物试验：测定致病性或毒力。