1、药用植物种质资源退化野生资源的乱砍乱伐，使资源的再生能力无法恢复，如野生人参、野生黄连、野生厚朴等。不合理的田间管理、和不同物种的混杂，都会引起该物种的基因的变化，最终导致该物种的消失或退化。
2.中药材有害重金属超标及农药残留污染首先是在种植过程中土壤、水源以及直接喷洒的农药导致的污染。其次在保存、运输过程中为防治虫害，用农药对药材进行熏蒸等。都直接影响了药材了质量，成为出口限制的因素
3.中药材产地不同引起的质量差异产地不同导致药材有效成分含量差异很大，盲目引种也会造成药材质量下降或消失，如湖北引种的蒙古黄芪，由于生态环境的改变，使其植株变得高大，分根多，根质硬而有柴性，味不甜而苦，引种后的黄芪不含微量元素硒
4.产地采收加工缺乏统一的规范与标准不同的采收季节甚至采收时辰都与中药有效成分含量密切相关。如金银花一天中以早晨9时采摘最好，否则因花蕾开放而降低质量；不同的加工方法牡丹皮烘干（80度，2小时）与晒干（48度，2小时）的丹皮酚含量差异，晒干的含量低（0.94%），而烘干的含量较高（7.023%）
5、野生或珍惜濒危中药资源破坏严重由于全球气候变迁、环境污染等导致生态环境的恶化，导致物种遭受了巨大的破坏，使许多珍惜濒危药用植物锐减。如甘草、羌活、肉苁蓉、紫草等资源普遍下降。人参、杜仲等已经无法提供野生资源。