(1)热原质：是由革兰阴性细菌产生的一种脂多糖，该物质进入人体可引起发热反应，因此，在制备注射液、生物制品、抗生素及临床所用的输液器材时均应防止和去除熟原质。
(2)毒素：革兰阳性细菌及少数革兰阴性细菌(志贺痢疾杆菌、霍乱弧菌)产生外毒素；革兰阴性细菌产生内毒素。两种毒素与细菌的致病性有关。
(3)抗生素：某些微生物在代谢过程中产生的一种能抑制或杀灭一些病原体的物质。抗生素可用来防治细菌感染性疾病。
(4)色素：某些细菌在代谢过程中合成的一种有颜色的物质。该物质在鉴定细菌和诊断疾病上有一定的意义。
(5)维生素：某些细菌合成一些对人体有益的物质，如维生素B族和维生素K。