物流系统优化目标包括以下五个方面：
（1）服务性。在为用户服务方面要求对用户的订货能按照预定时间进行配送和送达；做到缺货率低、无货物损伤、变质和丢失等现象，且物流成本控制在一定水平，费用较低。能提供保障物流活动流畅进行的物流信息系统，能够及时反馈信息；在网络时代一些货主还要求能够进行在线查询，实时了解货物的在途情况。
（2）快捷性。要求把货物按照用户指定的地点和时间迅速送到。为此可以把物流设施建在供给地区附近以缩短运输距离，或者利用有效的运输工具和合理的配送计划等手段。在实施供应链管理时代，对市场需求的快速反应能力极为重要。供应链有关企业要实行信息共享、业务流程要协同运作、还需要有高效率的物流作业体系。
（3）有效的利用面积和空间。主要是节约资源，此外物流据点布局紧凑也有利于提高其运作效率。应逐步发展立体化设施和有关物流机械，求得空间的有效利用。我国目前土地资源日趋紧张，不容许发生浪费，特别是对城市市区土地面积的有效利用必须加以充分考虑。
（4）规模适当化。应该考虑物流设施集中与分散的问题处理是否适当。物流系统在考虑必要的发展余地情况下规模大小应该适度。物流系统的水平应根据需求合理确定，如机械化与自动化程度、信息系统所要求的设备类型等。
（5）库存控制。必要的库存是为了保证需求、减少缺货风险。但库存过多则需要占用更多的保管场所，而且会产生多余的库存资金积压，造成存储费用上升。因此，必须按照生产与流通的需求变化对库存进行控制。综上，要发挥以上物流系统化的效果，就要进行研究，把从生产到消费过程以至供应链全程的货物量作为一贯流动的物流量看待，依靠缩短物流路线、供应链企业实行信息共享与统筹管理、科学管理库存等，使物流系统作业合理化、现代化，从而降低其总成本。