氨的氧化将一部分氨转化为其它的氮化合物。可能的反应有：
4NH₃+5O₂→4NO+6H₂O₄NH₃+3O₂→2N₂+6H₂O₂NH₃+2O₂→N₂O+3H₂O影响氨氧化反应的因素有：催化剂成分、烟气中各组分和氨的浓度、反应器温度等。一般认为在钒催化剂上，当温度超过399℃时，氨的氧化对脱硝过程才有显著影响。其危害：首先，达到给定的NOx脱除率需要的氨供给率将增加，需要添加额外的还原剂以替换被氧化的氨；第二，氨的氧化减少了催化剂内表面吸附的氨，可能影响NOx脱除，可能导致催化剂体积不足；此外，由于氨不是被氧化就是与NOx反应或者作为氨逃逸从反应器中排出，因此氨的氧化使SCR工艺过程的物料平衡变得复杂。因此，SCR烟气脱硝系统需要安装氨逃逸的测量仪器。