迁延性腹泻和慢性腹泻的治疗：重点是调整饮食，增加营养，控制感染，加强护理。
（1）调整饮食：母乳喂养儿暂停辅食，待病情好转后，逐渐增加辅食；人工喂养儿可喂养酸乳或短时间应用脱脂乳，必要时静脉滴注氨基酸制剂或胃肠道外全营养液，随着病情好转逐渐过渡到一般饮食。
（2）有双糖酶缺乏时，暂停喂养糖类和乳类，改用豆制代乳品。
（3）对肠道内特异性细菌感染及小肠细菌过度增殖可选用适宜抗生素，但切忌滥用抗生素引起肠道菌群失调。有肠道菌群失调者，可用微生态疗法。
（4）积极治疗各种并发症，补充各种维生素，有贫血者给铁剂、维生素B或叶酸，必要时多次少量输血或血浆；有锌缺乏者补硫酸锌或葡萄糖酸锌制剂。
（5）中医辨证施治疗效好，亦可配合推拿、捏脊或针灸疗法。