(1)根据内镜在人体使用部位的不同，分别采用消毒或灭菌方法：下列内镜及其附件需灭菌：腹腔镜、关节镜、脑室镜、膀胱镜等进入人体无菌部位或经外科切口进入人体的内镜，以及进入破损粘膜的内镜附件(如活检钳等)。下列内镜及其附件需消毒：喉镜、气管镜、支气管镜、胃镜、肠镜、乙状结肠镜、直肠镜等进入人体自然通道与管腔粘膜接触的内镜。
(2)使用过的内镜原则上应先消毒后清洗，最后在使用前根据内镜类型要求再进行消毒或灭菌处理。在用液体浸泡法消毒内镜的同时，应对所有的通道用清洁剂、消毒剂与水进行冲洗。
(3)被结核杆菌、肝炎病毒和艾滋病毒感染者使用过的内镜，必须进行特殊的消毒和灭菌处理。经化学消毒剂处理的内镜，在使用前必须用无菌水进行冲洗以去除残留的消毒剂。
(4)内镜室的医院感染管理应达到以下要求：①设诊查区、洗涤消毒区、清洁区。保持室内清洁，操作结束后严格进行消毒处理。②内镜室工作人员必须经过预防医院感染相关知识的培训，包括内镜的清洁、消毒或灭菌，使用中消毒剂韵监测、记录和保存，个人防护措施等。③用后的内镜及附件应立即去污染、清洁，清除管道中的血液、粘液及活检孔和抽吸孔内的残留组织，洗净的内镜应沥干水分后再进行消毒。内镜去污、清洗对保证消毒灭菌效果十分重要。④内镜的消毒须使用高效消毒剂，如2％戊二醛消毒浸泡，20分钟，消毒后用无菌蒸馏水充分冲洗。内镜、活检钳的灭菌用压力蒸汽或环氧乙烷或2％戊二醛浸泡：10小时灭菌。⑤HBsAg阳性病人和其他特殊感染病人用过的内镜应先消毒。再常规清洗消毒，2％戊二醛浸泡至少45分钟。⑥消毒后的内镜，储存前先干燥处理，再悬挂保存于无菌柜内。⑦操作和清洗内镜时应穿防渗透工作外衣，戴橡胶手套，有条件的医院可配备防护镜和面罩，工作人员应接种乙肝疫苗。⑧每日监测使用中消毒剂的有效浓度，记录保存，低于有效浓度立即更换。
(5)内镜消毒灭菌效果的监测：按卫生部《内镜清洗、消毒规范(试行)》执行。