细菌感染的病原学检查方法有：
（1）直接涂片镜检.凡是在形态和染色性具有特征的致病菌，直接涂片染色后镜检有助于初步诊断.
（2）分离培养.所有标本均应作分离培养，以获得纯培养后进一步鉴定.
（3）生化反应.不同的致病菌具有不同的酶系统，其代谢产物不尽相同，借此可对一些致病菌进行鉴别.
（4）血清学试验.采用含有已知特异性抗体的免疫学血清与分离培养除的未知纯种细菌进行血清学试验，可以确定致病菌的种和型.
（5）动物试验.主要用于分离，鉴定致病菌，测定菌株产毒性.
（6）药物敏感试验.药敏试验对知道临床选择用药，及时控制感染有重要意义.
（7）分子生物学技术.近年来应用核酸杂交和PCR技术检测致病性微生物核酸时临床诊断学的重大发展.