鸦片战争前，清政府认为同外国关系仅是“理藩而已，无所谓外交也”。鸦片战争后，由两广总督专办与欧美国家的交涉，特加钦差大臣头衔，称“五口通商大臣”。《北京条约》订立后，各国在华设使馆、驻使节。外国侵略者认为地方总督无权处理涉外事务，多次要求建立专门机构。
1861年1月，奕再上奏折请求建立总理各国事务衙门。总理衙门首任事务大臣均为清朝贵族，且与外国侵略者关系密切，使总理衙门实际成为外国侵略者控制清政府的总枢纽，是中国半殖民地化的一个重要表现。总理衙门存在了40年。到1901年，据《辛丑条约》第12款规定，改为外务部，仍位列六部之首。