化管各段的管壁一般自内向外分为黏膜、黏膜下层、肌层和外膜四层。黏膜由上皮、固有层和黏膜肌层组成。消化管的两端为复层扁平上皮，其余均为单层柱状。固有层由疏松结缔组织组成，其内富含血管、淋巴管，胃肠的固有层含大量的腺体和淋巴组织。黏膜肌层为薄层平滑肌。黏膜下层的结缔组织中含有较大的血管、淋巴管还有黏膜下神经丛。在食管及十二指肠的黏膜下层内分别含有食管腺和十二指肠腺。在消化管两端，肌层为骨骼肌，其余部分均为平滑肌，一般为内环行、外纵行两层。外膜分纤维膜和浆膜两种，前者由结缔组织组成，后者在结缔组织表面有一层间皮覆盖。