常见的病原菌主要为革兰氏阴性杆菌，如大肠杆菌和变形杆菌等。亦有革兰氏阳性球菌，如金黄色葡萄球菌。他们的感染途径如下。
（1）上行性感染：致病菌经尿道进入膀胱，然后沿输尿管上行至肾脏。
（2）血行感染：细菌从身体其他部位的感染病灶经血运传播至泌尿系统。
（3）淋巴途径感染：致病菌从附近病灶通过淋巴管传播至泌尿系。
（4）直接感染：细菌直接来自邻近有感染的器官，如阑尾脓肿、盆腔化脓性炎症。感染亦可来自外来部，如直接通过瘘道或造瘘管使泌尿系感染。