肝肾之间的关系，有"肝肾同源"或"乙癸同源"(以天干配五行，肝属乙木，肾属癸水，故称)之称。肝主藏血而肾主藏精，肝主疏泄而肾主封藏，肝为水之子而肾为木之母。故肝肾之间的关系，主要表现在精血同源、藏泄互用以及阴阳互滋互制等方面。
精血同源：肝藏血、肾藏精，精血皆源自先天，并赖水谷之精化生和充养，且能相互资生，故日同源互化。而肾受五脏六腑之精而藏之。封藏于肾之精，也需依赖于肝血的滋养而维持充足。
藏泄互用：肝主疏泄，肾主封藏，二者之间存在着相互为用、相互制约的关系：肝气疏泄可促使肾气开合有度，肾气闭藏可防肝气疏泄太过，疏泄与封藏，相反而相成，从而调节二便排泄及女子的月经来潮、排卵和男子的排精功能。
阴阳互滋互制：肝气由肝精肝血所化所养，可分为肝阴与肝阳；肾气由肾精化生，可分为肾阴与肾阳。不仅肝血与肾精之间存在着同源互化的关系，而且肝肾阴阳之间也存在着相互滋养和相互制约的联系。肾阴与肾阳为五脏阴阳之本，肾阴滋养肝阴，共同制约肝阳，则肝阳不偏亢：肾阳资助肝阳，共同温煦肝脉，可防肝脉寒滞。肝肾阴阳之间互制互用维持了肝肾之间的协调平衡。