性传播疾病可以无症状或仅出现轻微或短暂的症状，但这种感染可引起许多远期后果，诸如不孕、异位妊娠、慢性病和过早死亡。女性中未治疗的淋球菌和衣原体感染会导致将近40%的患者发生盆腔炎症性疾病，其中l/4的患者发生不育。患有其他性传播感染，例如梅毒、软下疳溃疡、单纯生殖器疱疹病毒感染，可以明显增加人类免疫缺陷病毒（艾滋病毒）获得或传播的危险性，生殖器溃疡性疾病可以在每次无保护性的性接触中使艾滋病病毒传播的危险性增加50～300倍。
研究表明，非常早期的艾滋病病毒感染与其他性传播感染之问具有非常明显的相互作用，这种相互作用造成的感染占艾滋病病毒传播的40％或以上。在胎儿和新生儿中，衣原体感染、淋病和梅毒可产生严重的甚至威胁生命的病情，包括先天疾病、肺炎和出生低体重。未治疗的早期梅毒可以导致25％的死产和14％的新生儿死亡，占总的围产期死亡率的40％左右。
全球每年由于母亲的淋球菌和沙眼衣原体感染未得到治疗所导致的新生儿眼部感染造成近4000名新生儿失明。
人乳头瘤病毒感染会加大形成宫颈癌的可能性，每年导致约50万例宫颈癌，造成24万名妇女死亡，是世界范围内女性癌症的第二大死亡病因。乙型肝炎病毒可以通过性传播和共用针具传播，也可以通过输血和母婴传播，导致每年3.5亿例慢性肝炎和至少100万例由于肝硬化和肝脏肿瘤而死亡的病例。