巨细胞病毒感染症因感染途径不同而表现出不同的症状。
先天性巨细胞病毒感染者有20％在出生时无任何症状，但也有出生后不久出现昏睡、呼吸困难和惊厥等，并于数天或数周内死亡。其他症状有意识运动障碍、智力迟钝、肝脾肿大、耳聋和中枢神经系统症状等。
围产期感染的婴儿绝大多数没有症状，只有少数在出生后3个月发生间歇性发热、肺炎和单核细胞增多症。
成人的巨细胞病毒单核细胞增多症比儿童多见，主要表现为发热和疲乏。在发热l～2周后，血液中淋巴细胞绝对值增多，且有异形性变化、脾肿大和淋巴结炎等。因输血所致的巨细胞病毒单核细胞增多症，多发生于输血后3～4周。艾滋病患者几乎都有巨细胞毒感染，有广泛的内脏损害。