临川派和吴江派两大派别的主要分歧在三个方面：
一是思想观念上的分歧。临川派主张“以情格理”的至情论，反对封建的理学思想和礼教观念，而吴江派则重视封建伦理的宣扬，正如吴江派的重要作家吕天成说沈璟的戏曲“命意皆主风世”。
二是对曲律的看法不同。吴江派是强调“合律依腔”，主张格律至上，认为戏曲第一位的是作品是否合律，为了合律可以牺牲抒情表意。所以他说：“宁协律而不工，读之不成句，而讴之始叶，是曲中之工巧”。而临川派主张内容重于曲律。
三是重文采还是重本色的不同。吴江派主张本色，反对过于重文藻骈俪，临川派注重文采。