日本血吸虫的生活史包括卵、毛蚴、母胞蚴、子胞蚴、尾蚴、童虫和成虫等阶段。成虫寄生于人和多种哺乳动物的门脉-肠系膜静脉系统，雌虫产卵于肠黏膜下层静脉末梢内，虫卵随宿主的粪便排出体外。
成熟的虫卵随粪便排出体外后入水，待粪便被稀释到一定混浊度以下后孵化，毛蚴孵出后，进入中间宿主钉螺体内，再经过母胞蚴、子胞蚴的无性繁殖阶段发育成尾蚴。
尾蚴钻入宿主皮肤后，在皮下组织作短暂停留，进入血管或淋巴管，随血流经右心到肺，再经左心进入体循环，到达肠系膜动脉的童虫可穿过毛细血管进入肝门静脉。
童虫在肝门静脉中发育到性器官初步分化后，雌雄合抱，再移行到肠系膜静脉及直肠静脉寄居，交配，产卵。
雌虫产卵后，一部分虫卵循门静脉系统流至肝门静脉并沉积在肝组织内，另一部分虫卵经肠壁进入肠腔，由于成熟卵内毛蚴分泌物可透过卵壳，引起虫卵周围组织和血管壁发炎坏死，在血流的压力，肠蠕动和腹内压增加的情况下，虫卵可随破溃的组织落入肠腔，并随宿主粪便排出体外，故可以用病原学方法粪便检查虫卵。
虫卵肉芽肿的形成有利于隔离虫卵所分泌的可溶性抗原中的肝毒抗原对邻近肝细胞的损害，避免局部或全身免疫性疾病的发生或加剧。但沉积在肝、肠组织中的虫卵引起的肉芽肿又可不断破坏肝、肠的组织结构，引起慢性血吸虫病。