利用水生生物来监测水环境质量的方法有以下几种：①指示生物法：各种水生生物的污生能力不同，因此各污化带便有特定的生物系统可作监别污化程度的标志生物，称为指示生物。多污带指示生物有变形虫、钟形虫、草履虫、腐败细菌、粪胞藻等；甲型中污带指示生物有眼子菜、莲、水生寡毛类、摇蚊幼虫、田螺、细菌及某些藻类、原生动物等；乙型中污带指示生物有轮藻、黑藻、金鱼藻等；寡污事业指示生物有乙型中污带的高等植物，水生昆虫中有毛翅目与浮游目的幼虫等；②生物指数监测法：由于同一种生物可出现于不同污化带，凭指示生物种类不便于比较，一些学者主张用某种指数来表示污染情况；③数量或生物量指标：例如用颤蚓作为污染指标，Wright（1955）的指标；颤蚓＜100条/米²，不污染；100-999条/米²，为轻度污染；1000-5000条/米²，为严重污染；④多样性指数：由于不同污染区生物种数和个体数不同，因此可用这种指数来反映污染程度；⑤毒性试验、行为、生理、生化的监测和残毒的测定：毒性试验是用水生生物的急性中毒或慢性中毒的实验来确定废水中的毒性及安全浓度，作为实验生物必需是对毒物敏感并且容易在人工控制下生活的种类如金鱼、白鲢、草鱼、鲤鱼、栅藻、菱形藻、舟形藻等。