慢性化脓性中耳炎常需与中耳癌和结核性中耳乳突炎相鉴别。中耳癌好发于中年以上，多为鳞状细胞癌。耳内有血性分泌物，伴耳痛，可出现同侧周围性面瘫及张口困难，晚期有第Ⅵ、Ⅸ、Ⅹ、Ⅺ、Ⅻ脑神经症状。检查见外耳道或鼓室内有新生物，触之易出血。影像学检查示骨质破坏。病理可确诊。结核性中耳乳突炎多继发于肺结核或其他部位的结核。起病隐匿，内耳脓液稀薄，鼓膜可为紧张部中央性或边缘性穿孔，有时可见苍白肉芽，听力明显损害。乳突X线摄片示骨质破坏或死骨形成。肉芽组织病理学检查及分泌物涂片、培养、动物接种有助于确诊。