（1）鳃
多数鱼类的鳃除具有呼吸功能外，还具有排泄含氮废物及渗透压调节功能。一般而言，具有辅助呼吸器官的鱼类，其鳃的作用往往有不同程度的退化。
（2）皮肤
象鲤、鲫、鲶、鳗鲡等，它们的皮肤呼吸容量大约占总呼吸量的17~32%，皮肤的呼吸机能在于表皮之下分布着许多微血管，而且皮肤薄，鳞片退化，表皮是由单层鳞状上皮细胞构成，通透性强，以便与外界进行充分的气体交换。
（3）鳃上器官
鳃上器官是鳃弓及其附近的特殊结构，是一种气呼吸器官。攀鲈、尖头鱼的鳃上器官是第一鳃弓的上鳃骨及咽鳃骨扩大特化为迷路的构造，形成“皱褶”的迷路囊，外观呈花朵状或木耳状，也是气呼吸器官的一种。
（4）口腔咽粘膜
鲤科鱼类口腔黏膜布满了微血管，能够进行气体交换。当水中缺氧时，会出现浮头现象，鱼类就靠近水面，以口伸出水面吞咽空气，通过口咽黏膜摄取氧气，以弥补鳃呼吸的不足。
（5）肠道
泥鳅、条鳅和花鳅等就具有肠呼吸的机能，它们的肠道的前半段具有消化机能，肠的后段经常没有食物贮留，肠壁很薄，上皮细胞下面分布着丰富的微血管，且具有粘液细胞，能分泌粘液以包裹消化残渣，使粪便很快地通过具有呼吸机能的部分，不致损伤肠道。
（6）气鳔（肺）
多鳍鱼类和肺鱼以及弓鳍鱼、雀鳝的鳔变态为“肺”，作为一种辅助呼吸器官。