发电机内的氢气靠发电机风扇前后压差力的推动，或氢气管道风机的推动不断流过氢气干燥器。冷凝式氢气干燥器利用制冷系统和换热系统将流过氢气干燥器的氢气冷却。使其温度降到“露点”以下，而其中的水蒸气以结露或结霜的形式分离出来，再经过加热（热冲霜）过程将霜化成水排出，从而达到降低氢气湿度的目的。被冷却的氢气再经换热系统升温后返回电机。
在单一台机器运行工作过程中有一个化霜期，在化霜期内无除湿效果，因此使除湿效率受到影响。为了提高除湿效率可以采取两台设备联合运行交替除湿，其中当一台设备制冷除湿，另一台设备化霜，交替工作，不间断除湿。这样既提高了除湿效率，又增加了压缩机休息时间。