自然保护区功能区一般分为三个区域：
（1）核心区：是保护区的核心，是最重要的地段，主要是各种原生性生态系统类型保存最好的地方，是保护对象最为典型、最集中的地区。
（2）缓冲区：位于核心周围，可以包括一部分原生性生态系统类型和由演替类型所占据的半开发的地段，一方面可防止核心区受到外界的影响和破坏，起一定的缓冲作用，另一方面可用于某些试验性或生产性的科学试验研究，但不应破坏其群落环境。
（3）实验区：缓冲区的周围最好还要划出相当面积的保护区，可包括荒山荒地在内，最好也能包括部分原生或次生生态系统类型，主要用作发展本地特有的生物资源。