制定医院员工薪酬时应遵循的基本原则如下：
（1）公平性原则：是指员工与员工之间的薪酬标准、发放时间、发放形式等要公平。只有公平才能赢得员工的信赖，才能调动员工的积极性。但也不能把讲公平搞成平均主义。
（2）竞争性原则：是指薪酬的制定要根据员工贡献的大小拉开差距，不能"吃大锅饭"，鼓励员工通过竞争去获取丰厚的报酬；同时，竞争性还表现在医院的薪酬标准在人才市场中要有竞争力，即优于同行业的平均水平，这样才能吸引更多的人才，并避免医院现有人才的流失。
（3）合理性原则：由于薪酬是一把双刃剑，一方面是激励员工的重要手段；另一方面对医院而言是其主要成本之一。过低的薪酬对员工没有激励作用，过高的薪酬会成为医院的严重负担。这就要求人力资源管理者要权衡薪酬激励给医院带来的效益与薪酬给医院增加的成本孰重孰轻：一方面要利用报酬系统的激励功能，充分调动员工的积极性，充分挖掘员工的潜力；另一方面又要将成本费用控制在适宜的水平。合理性原则又叫"成本控制原则"。
（4）合法性原则：是指医院的薪酬制度必须符合国家法律法规的要求。一方面要依法维护员工的合法权益，如最低生活保障、养老保险、健康保障、特殊人群利益等；另一方面，薪酬制度不能违反法律法规要求，如不能有性别歧视、年龄歧视等。