结核菌素试验阴性反应除提示没有结核菌感染外，还见于以下情况：结核菌感染后需4～8周才有变态反应充分建立；在变态反应前期，结核菌素试验可为阴性。应用糖皮质激素等免疫抑制剂者或营养不良及麻疹、百日咳等患者的结核菌素反应也可暂时消失；严重结核病和各种危重病患者对结核菌素无反应，或仅为弱阳性，这都是人体免疫力连同变态反应暂时受到抑制的结果；待病情好转，又会转为阳性反应。其他如淋巴细胞免疫系统缺陷（如淋巴瘤、白血病、结节病、艾滋病等）患者和老年人的结核菌素反应也常为阴性。